电子处方与旧有的纸本相比，有降低成本和促进健康的优点：[2]
减少开立处方以及配药时发生错误
降低开立处方所花费的功夫
缩短收到处方药物的时间
降低药物相互作用和反应的的风险
在医生办公室就可查询到保险公司的处方表，更准确的改用价格较便宜的替代药物
遗失处方笺和未去取药的情况减少，提高患者的药物依从性（英语：Adherence (medicine)）（按时服药），并降低患者的成本
提醒开立处方者和药剂师有关重复开立管制药物的情况，减少不当用药（英语：Drug diversion）（物质滥用）疏失的发生。[6]
医疗安全方面的改进非常重要。在2000年，美国国家医学研究所（英语：National Academy of Medicine）确定药物错误是医疗卫生中最常见的医疗疏失，估计每年因此而死亡的人数有数千人。[7]
增进患者安全及改善护理品质
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少了手写处方字迹不易辨识的问题，用药错误的风险以及相关的用药责任风险也会降低。因为电子处方把开立处方者和配药者之间电话沟通的需求减少，降低口头误解。用药错误的原因包括：处方上手写字迹不清，或者是命名模棱两可，药剂师辨识错误，以及开立处方者对药物剂量或药物间的不良相互作用误判。电子处方可把此类错误中的大部分消除。在做患者护理时，需要时时提醒和警示。电子处方系统可利用临床决策支援系统增强药物流程管理，对患者当前的用药进行药物相互作用、药物过敏性、诊断、体重、年龄、药物适宜性、和正确剂量经常检查。基于系统的运算模式，当出现矛盾、不良反应、和重复治疗时，会对开立处方者提出警示。电脑还可发送结构清晰的讯息给药剂师，决策支持系统还可把致死剂量和致命性药物组合标识出。[8]电子处方可让医生容易调阅患者病历，以及用药历史。所有医疗卫生提供者在开立处方时，系统对于患者在和其他药物合并使用，或是在特殊情况而产生用药不当的可能时，会发出警示。有证据显示使用电子处方，可将错误发生频率降低30%的程度。[9]
节省临床医生的时间
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据估计，有接近30％的处方需要药房与开立处方者作电话澄清。[10]这表示药剂师用在其他重要事务的时间受限（例如，给予消费者用药知识教育）。相应地，电子处方可大量减少药房因为字迹不清、处方选择错误、处方表适用、和药物福利有关的电话查询时间。而对药房工作流程和整体生产力产生正面的影响。
省却传真处方到药房
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减少相互传真，降低不确定性，而在人工成本、处理成本、和纸张支出产生节省。
处方续签和授权过程自动化
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借助电子处方，续签授权成为一种自动化过程，开立处方者和药剂师的效率因而提高。药房人员可产生续签授权请求，透过电子网络传递到开立处方者的系统。开立处方者在检查后予以批准或者拒绝。借助少数的资源利用，开立处方者只需透过电脑键盘就完成药物更新，同时资料会立即登入患者的病例档案中。
提高患者便利性和药物依从性
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据估计，有20％的纸本处方笺从未被患者拿去取药，部分原因是要送上纸本处方笺，然后等待配药。电子处方透过取消或减少这类等待的时间，可减少未去取药的次数，患者药物依从性因而得以改善。电子系统让处方续签自动化，也可提高效率，减少患者依从性降低的问题。有关患者取药的资讯，也可帮助临床医生评估患者的药物依从性。
加强开立处方者的机动性
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当开立处方者利用无线网络开立和续签处方时，便利性大幅提高。这样的移动设备包括笔记型电脑、个人数码助理、平板电脑、或是行动电话。这种灵活的移动方式让人在办公室以外的场所也可开立和续签处方。
提高药物监测/召回能力
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电子处方系统使嵌入式自动分析工具能够生成查询和报告（对于传统纸本系统，这样做法相对困难许多）。常见的这类报告有：需要召回药物时，搜寻持有特定处方的所有患者，或者是针对某些医疗卫生提供者所开立药物的频率和药物类型。